Gilgamesh jest mroczną i postapokaliptyczną serią anime, opartą na mandze autorstwa Shotaro Ishinomori. Anime opowiada losy dwójki rodzeństwa: Kiyoko i Tatsui Madoka. Ich ojciec, profesor Madoka spowodował ogromny wybuch w wyniku, którego niebo przesłoniła lustrzana, nieprzepuszczalna powłoka, która uniemożliwiła funkcjonowanie urządzeniom elektrycznym. Kiyoko i Tatsuya muszą spłacić długi zaciągnięte przez ich matkę u mafii. Kiyoko ma je spłacić ciałem, a Tatsuya ma sprzedzać organ. W trakcie ucieczki przed zbirami mafii, trafiają do pozornie pustego domu, którego właściciele oferują pomoc. Chronią dwójkę przed bandytami, lecz za chwilę do walki wkracza inna grupa ludzi, która chce przejąć rodzeństwo. Dlaczego? Jak potoczą się dalsze losy Kiyoko i Tatsuya Madoka? Zobaczcie sami.